Vystudoval jadernou fyziku, od 90 let se ale živí jako nakladatel a spisovatel. Debutoval v roce 1989 cestovatelským deníkem nazvaným Kameny z hor (Mladá fronta, 1989), v němž zaznamenal vzpomínkové i emoční pochody, které dalo v jeho nitru do pohybu putování po rumunských Karpatech.  Následovala námětově podobná Balada o sestupu (Rozmluvy, 1992), v ní už se však psychologický námět pojí i s úvahami o stavu světa, a Hotel uprostřed života (NLN, 1999). V roce 2001 napsal Vopěnka jako jeden z prvních autorů na světě i román inspirovaný rychlým vývojem v elektronické komunikaci Laska po sms (Práh, 1999), který je kompletně sestavený z textových zpráv.

K cestovatelskému tématu se vrátil v knize Antarktida na prahu konce (Práh, 2000), v níž popisuje své působení na stanici Econelson v Antarktidě. „A nikdy nezapomeň, že největším nepřítelem na cestě životem můžeš být ty sám – jestliže totiž nerozpoznáš, kdo opravdu jsi a pro co jsi přišel na tento svět. Narodil ses, můj milý, pozdě – ještě později než já – na sklonku věků – na prahu posledního tisíciletí, neboť vše nasvědčuje tomu, že pokud lidstvo přetrvá, bude to za cenu uvěznění v technice, již jsme stvořili, v níž však duše není,“ stojí v knize.

Cestopisná (jak ve smyslu vnějšího cestopisu po cestách necestách, tak ve smyslu putování po vnitřních krajinách) je i Moje cesta do ztracena (Mladá fronta, 2005), v níž se „kerouackovsky“ do světa vydává otec se synem.

V baladické novele Moře smutku za tvým psem (Prostor, 2002) nahlíží na lidské slabosti, staré jizvy v duši a na to, zda a jak lze nalézt sílu se s nimi vyrovnat.

O rok později vyšel román o zlu Konec zákona (Práh, 2003), o němž autor říká: „Zlo je třeba zobrazit tak, aby z něj člověku (čtenáři) bylo nanic. Estetizované zlo je návodné. Ano, tohle je román o zlu – o špatnosti, která dřímá v leckom z nás a za vhodných vnějších (nebo individuálních) podmínek se ujme vlády. Lidské dějiny jsou dostatečným svědectvím, že tomu tak opravdu je. A ani dnes se před tímto dřímajícím zlem, před démony v nás, nemůžeme cítit bezpeční.“

Další román Pátý rozměr (Kniha Zlín, 2009) vychází z jednoduché zápletky: uznávaný astrofyzik a neúspěšný podnikatel v jedné osobě byl vybrán, aby v rámci vědeckého experimentu strávil rok v osamění v horách, s sebou si smí vzít jedinou knihu. Zvolí pojednání Černé díry a zborcený čas a skrze její četbu se od vědy dostává k víře a zažívá jakési mytické vytržení, objevení pátého rozměru. Zároveň je však nucený porušit pravidla experimentu.

Vopěnka napsal i vzpomínkovou knihu na své dětství a dospívání za totality nazvanou Nebarevné vzpomínky (Práh, 2013).

Zatím posledním Vopěnkovým románem pro dospělé je Nová planeta (Mladá fronta, 2015) vystavěný na dystopických základech: archetypální příběh lásky a zrady s biblickým podtextem se odehrává v daleké budoucnosti. „Románů o zpustošené Zemi najdeme ve světové sci-fi spoustu. Ten Vopěnkův je cenný především tím, že nutí k otázkám. Nakolik má privilegovaná skupina lidí právo vytvořit pro sebe nový svět za cenu života miliard lidí toho starého? A nakolik a kdy se ten nový svět začne ve jménu zachování postupně měnit v tyranii? Nakolik a za jakou cenu jsme schopni podlehnout pohodlí na úkor těch druhých? Odpovědi mohou být dost nepříjemné,“ napsala Alena Slezáková v recenzi na iDnes.cz.

Martin Vopěnka je také autorem knih pro děti a dospívající. Začal Pohádkami z Větrných hor (Knižní klub, 1998), vyšla mu encyklopedie Poznávám život a svět (Práh, 2011), zcela zásadní pro jeho tvorbu je ale trilogie Spící město (Fragment, 2011), Spící spravedlnost (Fragment, 2012) a Spící tajemství (Fragment, 2013). Jde v ní o osudy čtyř dětí (ale i mnoha dalších dětí, jejich rodičů, potažmo celého města a přeneseně i o osud planety), kteří se jednoho dne vzbudí a zjistí, že jejich svět postihla zvláštní choroba, všichni, kteří jsou rodiči, usnuli a nelze je probudit. „Dějová složka je tvořena jednotlivými fragmenty dětských setkání se zlem v jeho nejrůznějších podobách (rabování, vandalismus, útoky pouličních gangů) a vrcholí únosem malého Samuela překupníky dětí. Pátrání starších sourozenců po nejmladším bráškovi otevírá řadu závažných témat (problematika sexuálního obtěžování, všudypřítomnost smrti, alkoholismus, týrání dětí, život za zdmi církevního společenství) a nelehkých rozhodnutí, jež narušují až doposud idylický čas dětství,“ píše o knize Hana Lavičková na iLiteratuře.cz. A dodává: „Martin Vopěnka adresoval dospívajícím čtenářům toužícím po dobrodružství romány prostoupené zajímavou zápletkou, etickými kódy i filozofickým poselstvím.“

Ukázka

—Nová planeta (Mladá fronta, 2015)