Vystudoval češtinu a ruštinu na Masarykově univerzitě v Brně. Na začátku 70. let komunisty zakázaný autor debutoval až samizdatově v roce 1978 Případem nevhodně umístěné šance. V témže roce a taktéž samizdatově mu vyšel Medvědí román. Kniha se třemi vypravěčskými liniemi vychází z totalitního státu na Ostrově, který je alegorií československé totality. Falešný medvědář se tady pokouší vycvičit falešného medvěda, který se má dostat do nejvyšší politiky. Jde o mnohovrstevnatě až zrcadlově líčený příběh, v němž autor našel svoji poetiku vyprávění, kterou svým způsobem používá dodnes. Jakkoli v nich popisuje skutečná historická období (ať už protektorát, válku či komunistickou éru), činí tak postmoderním stylem skrze alegorie, nadsázky či fantaskní světy. Kratochvil pracoval jako topič, hlídač či dělník. Teprve po revoluci se jeho tvorba dostala ke čtenářům masověji; v nakladatelství Atlantis mu v rychlém sledu vyšel Medvědí román (1991, o osm let později v nakladatelství Petrov vydaný znovu v původním znění jako Urmedvěd), román Uprostřed nocí zpěv (1992), dva povídkové cykly Má lásko, postmoderno (1994) a Orfeus z Kénigu (1994), román Avion (1995), eseje Příběhy příběhů (1995), román Siamský příběh (1996) a ceněný román – karneval Nesmrtelný příběh (1997).

Románovou „smršť“ zakončil Nočním tangem (Petrov, 1999), o němž kritik Petr Chleboun napsal: „Chápu tento román opravdu jako „rozložení vlastní architektury“ a ohledání principů, na jejichž základě ji lze zase kloubit dohromady. Žádná z Kratochvilových knih se o něco podobného dosud v takové míře a v takové šíři nepokusila.“
Následoval román Truchlivý Bůh (Petrov, 2000) a fantaskní Lehni, bestie (2002), v němž svérázně smyšleným příběhem z Brna padesátých let reaguje na útoky z 11. září. Volnou trilogii pak uzavírá příběhem Lady Carneval (Petrov, 2004), v němž si pohrává s osudem zdravotní sestry Olgy Abelové, jenž se po operaci tehdejšího československého prezidenta Gustáva Husáka o hlavu státu starala a stala se prominentkou režimu, po jehož svržení se ocitla na pranýři. „Jak tu knížku číst? Jako dílo suverénního vypravěče, střídajícího polohy detektivně-hororové s odlehčující ironií, vypravěče, kterému jde především o radost z vyprávění, anebo jako tíživé nadčasové podobenství, případně neméně závažnou literární paralelu s Kratochvilovou vlastní životní zkušeností?,“ píše o knize kritik Radim Kopáč. Následoval román Herec (Druhé město, 2006) a sbírka Brněnské povídky (Druhé město, 2007). Romány Slib (Druhé město, 2009) jako rekviem za 50. léta a Femme fatale (Druhé město, 2010) o zakázané spisovatelce, která se díky změně režimu stane přes noc hvězdou. Román Dobrou noc, sladké sny (Druhé město, 2012) pak líčí jediný den v právě osvobozeném Brně, v němž hlavní hrdina shání penicilin pro židenické sanatorium. Román Alfa Centauri (Druhé město, 2013) se pak v příběhu nalezence překvapivě odehrává téměř v současnosti.

Ukázka

—Urmedvěd (Petrov , 1999)